Розроблено новий метод раннього виявлення стійкості у мікобактерій туберкульозу

Як і всі види на нашій планеті, бактерії постійно розвиваються. Деякі зміни, що відбуваються в їх ДНК, роблять ці мікроорганізми стійкими до ліків, які люди використовують для лікування від викликаних ними захворювань.

Лікарсько стійкі бактерії зазвичай виживають під час лікування і передають свої гени інших бактерій, що призводить до накопичення лікарсько-стійких форм. Кращим рішенням цієї проблеми є лікування пацієнтів правильно підібраним антибіотиком на самому початку захворювання, але це нелегко. Лікарі спочатку повинні ідентифікувати бактерії заразили пацієнта, потім з`ясувати, до яких препаратів вони стійкі. Результатів тесту часом доводиться чекати тижні і місяці.

Вчені з Оксфордського університету розробили програму «Mykrobe Predictor», яка досліджує послідовність генома бактерії і видає, до яких антибіотиків вона стійка, а до яких немає. Вона може працювати на звичайному ноутбуці або планшеті і проводить обчислення всього за кілька хвилин, що полегшує її застосування в лікувальній практиці. Стаття, що описує розробку, опублікована в журналі Nature Communications.

На даній стадії розробки вчені вибрали два види патогенних бактерій людини: Staphylococcus aureus і Mycobacterium tuberculosis. Дослідники використовували дані про відомих варіантах генів цих видів, які дають бактеріям стійкість до різних видів антибіотиків. За результатами проведеного тестування точність прогнозів виявилася досить високою. Для S. aureus стійкість до 12 антибіотиків програма правильно пророкує в 99,1 відсотках випадків, а для M. tuberculosis в 82,6 відсотках випадків, що, ймовірно, пов`язано з меншою вивченістю генетичних механізмів стійкості у цього виду.

Експериментальне визначення стійкості культури бактерій до антибіотиків займає досить багато часу - від одного дня в разі S. aureus до декількох тижнів в разі M. tuberculosis. Використання Mykrobe Predictor може значно скоротити час підбору відповідних антибіотиків. На відміну від існуючих методів, нове програмне забезпечення може оновлюватися, тобто ставати краще з часом. Воно також може виявляти інфекції навіть в тому випадку, якщо бактерії вже були схильні до дії якихось ліків, але все ще присутні в організмі.

Дослідники протестували програму, використовуючи її для аналізу понад 4500 ретроспективних зразків пацієнтів, підбираючи антибіотик до двох небезпечним бактеріям туберкульозу (ТБ) і золотистого стафілококу. Програмне забезпечення вже випробувано в лікарнях в Лідсі, Брайтоні і Оксфорді.

Джерело: nature.com