До клітинної стінки бактерій примикає цитоплазматическая мембрана, будова якої аналогічно мембран еукаріотів (складається з подвійного шару ліпідів, головним чином фосфоліпідів з вбудованими поверхневими і інтегральними білками). Вона забезпечує:
- селективну проникність і транспорт розчинних речовин в клітку,
- транспорт електронів і окисне фосфорилювання,
- виділення гидролитических екзоферментів, біосинтез різних полімерів.
Цитоплазматична мембрана обмежує цитоплазму бактерій, яка представляє собою гранулярную структуру. У цитоплазмі локалізовані рибосоми і бактеріальний нуклеоїд, в ній також можуть перебувати включення і плазміди (Позахромосомна ДНК). Крім обов`язкових структур бактеріальні клітини можуть мати суперечки.